Tuesday, June 25, 2019
Time | Event | |
13:30 - 14:00 | Registration - Registration | |
14:00 - 14:30 | Future of France Génomique - Pierre Le Ber | |
14:30 - 16:00 | Developments - Pascal Barbry | |
14:30 - 14:45 | › 01_SONICC, une nouvelle méthode pour analyser la conformation spatiale de la chromatin - Amelie Bonnefond, CNRS UMR8199 | |
14:45 - 15:00 | › 02_SEQOCCIN : analyse de variants de structure, metagénomique et épigénétique - Cécile Donnadieu, GeT PlaGe, Genotoul | |
15:00 - 15:15 | › 03_High throughput error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencing - Kevin Lebrigand, IPMC | |
15:15 - 15:30 | › 04_Dts-seq: a simple method of library preparation for a highly reproducible characterization of the tRNA epitranscriptome by deep sequencing - Daniel GAUTHERET, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule | |
15:30 - 15:45 | › 05_Finding and removing introns from RNA-Seq de novo assemblies with IntronStalker - Emilien Lasguignes, Genotoul Bioinfo | |
15:45 - 16:00 | › 06_REPET package, or a chronicle of a sustainable software development. - Véronique Jamilloux, URGI INRA de Versailles | |
16:00 - 16:30 | Coffee break | |
16:30 - 18:00 | Developments - Pascal Barbry | |
16:30 - 16:45 | › 07_Axe de développement en cours et à venir au Genoscope - Karine Labadie, Genoscope | |
16:45 - 17:00 | › 08_Bilan des projets R&D de la plateforme MGX - Dany SEVERAC, MGX-Montpellier - Marine Pratlong, MGX-Montpellier | |
17:00 - 17:15 | › 09_Développement au sein de la plateforme BIOMICS - Marc Monot, Plateforme technologique Biomics | |
17:15 - 18:00 | › 10_Le développement sur les autres PFs du réseau France Génomique - Pascal Barbry, IPMC | |
18:00 - 19:30 | - Pierre Le Ber et Denis Milan | |
18:00 - 20:00 | Registration Hoetl Motel One Porte Dorée - 295 avenue Daumesnil 75012 Paris |
Wednesday, June 26, 2019
Time | Event | |
09:00 - 09:30 | ||
09:30 - 10:30 | Workshop Long reads | |
09:30 - 09:45 | › 1_Long read au Genoscope - Jean-Marc Aury, Genoscope-CEA | |
09:45 - 10:00 | › 2_Retour d'expérience : intégration au sein de la plateforme de la technologie Nanopore - Roxane Boyer, GeT PlaGe, Genotoul | |
10:00 - 10:15 | › 3_Dernières évolutions sur Sequel 1M - Véronique Gautier, Gentyane-INRA | |
10:30 - 11:00 | Coffee break | |
11:00 - 11:30 | Big Data processing session | |
11:00 - 11:15 | › 1_Retour d'expérience sur le séquençage ciblé de l'ADN (15Mb) chez 10 000 individus en France - Amelie Bonnefond, CNRS UMR8199 | |
11:15 - 11:30 | › 2_Analyse de données metagenomique du permafrost - Sebastien Santini, Information Génomique & Structurale | |
11:30 - 12:30 | results from Large Scale Sequencing Projects | |
11:30 - 12:00 | › 1_What did we learn after more than ten years of root-knot nematode genomics? A tale of 1st, 2nd and 3rd generation sequencing. - Danchin Etienne, INRA, Université Côte d'Azur, CNRS, Institut Sophia Agrobiotech | |
12:00 - 12:30 | › 2_Whole genome sequencing of liver tumors reveals new mutational processes and oncogenic rearrangements - Eric Letouzé, INSERM U1162 | |
12:00 - 14:00 | Lunch | |
12:00 - 14:00 | Poster session | |
14:00 - 15:00 | Results from FG PF | |
14:00 - 14:30 | › 1_Décoding a new histone language - Saadi Khochbin, Institute for Advanced Biosciences | |
14:30 - 15:00 | › 2_Quantitative analysis of HIV-1 transcriptional repertoire by Oxford Nanopore sequencing - Sarah Gallois-Montbrun, Institut Cochin | |
15:00 - 16:00 | Presentation of e-infrastructure - Claude Scarpelli | |
15:00 - 15:15 | › 1_Présentation de l'e-infrastructure - Claude Scarpelli, Genoscope-CEA | |
15:15 - 15:30 | › 2_Retour d'expérience de l'utilisation de partie GPU de Cobalt pour des applications de Deep Learning - Eric Bonnet, Centre National de Génotypage | |
15:30 - 15:45 | › 4_Retour d'expérience de l'utilisation de partie GPU de Cobalt pour des applications de base calling Oxford Nanopore - Aimeric Bruno, Genoscope-Centre national de séquençage | |
15:45 - 16:00 | › 3_Solution technique utilisée pour passer des jobs de plus de 24 heures - Aimeric Bruno, Genoscope-Centre national de séquençage | |
16:00 - 16:00 | end of the event - end of the event |