Planning
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Event |
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13:30 - 14:00
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Registration - Registration |
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14:00 - 14:30
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Future of France Génomique - Pierre Le Ber |
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14:30 - 16:00
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Developments - Pascal Barbry |
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| 14:30 - 14:45 |
› 01_SONICC, une nouvelle méthode pour analyser la conformation spatiale de la chromatin - Amelie Bonnefond, CNRS UMR8199 |
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| 14:45 - 15:00 |
› 02_SEQOCCIN : analyse de variants de structure, metagénomique et épigénétique - Cécile Donnadieu, GeT PlaGe, Genotoul |
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| 15:00 - 15:15 |
› 03_High throughput error corrected Nanopore single cell transcriptome sequencing - Kevin Lebrigand, IPMC |
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| 15:15 - 15:30 |
› 04_Dts-seq: a simple method of library preparation for a highly reproducible characterization of the tRNA epitranscriptome by deep sequencing - Daniel GAUTHERET, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule |
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| 15:30 - 15:45 |
› 05_Finding and removing introns from RNA-Seq de novo assemblies with IntronStalker - Emilien Lasguignes, Genotoul Bioinfo |
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| 15:45 - 16:00 |
› 06_REPET package, or a chronicle of a sustainable software development. - Véronique Jamilloux, URGI INRA de Versailles |
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16:00 - 16:30
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Coffee break |
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16:30 - 18:00
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Developments - Pascal Barbry |
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| 16:30 - 16:45 |
› 07_Axe de développement en cours et à venir au Genoscope - Karine Labadie, Genoscope |
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| 16:45 - 17:00 |
› 08_Bilan des projets R&D de la plateforme MGX - Dany SEVERAC, MGX-Montpellier - Marine Pratlong, MGX-Montpellier |
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| 17:00 - 17:15 |
› 09_Développement au sein de la plateforme BIOMICS - Marc Monot, Plateforme technologique Biomics |
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| 17:15 - 18:00 |
› 10_Le développement sur les autres PFs du réseau France Génomique - Pascal Barbry, IPMC |
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18:00 - 19:30
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- Pierre Le Ber et Denis Milan |
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18:00 - 20:00
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Registration Hoetl Motel One Porte Dorée - 295 avenue Daumesnil
75012 Paris |
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| Time |
Event |
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09:00 - 09:30
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09:30 - 10:30
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Workshop Long reads |
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| 09:30 - 09:45 |
› 1_Long read au Genoscope - Jean-Marc Aury, Genoscope-CEA |
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| 09:45 - 10:00 |
› 2_Retour d'expérience : intégration au sein de la plateforme de la technologie Nanopore - Roxane Boyer, GeT PlaGe, Genotoul |
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| 10:00 - 10:15 |
› 3_Dernières évolutions sur Sequel 1M - Véronique Gautier, Gentyane-INRA |
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10:30 - 11:00
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Coffee break |
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11:00 - 11:30
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Big Data processing session |
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| 11:00 - 11:15 |
› 1_Retour d'expérience sur le séquençage ciblé de l'ADN (15Mb) chez 10 000 individus en France - Amelie Bonnefond, CNRS UMR8199 |
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| 11:15 - 11:30 |
› 2_Analyse de données metagenomique du permafrost - Sebastien Santini, Information Génomique & Structurale |
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11:30 - 12:30
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results from Large Scale Sequencing Projects |
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| 11:30 - 12:00 |
› 1_What did we learn after more than ten years of root-knot nematode genomics? A tale of 1st, 2nd and 3rd generation sequencing. - Danchin Etienne, INRA, Université Côte d'Azur, CNRS, Institut Sophia Agrobiotech |
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| 12:00 - 12:30 |
› 2_Whole genome sequencing of liver tumors reveals new mutational processes and oncogenic rearrangements - Eric Letouzé, INSERM U1162 |
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12:00 - 14:00
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Lunch |
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12:00 - 14:00
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Poster session |
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14:00 - 15:00
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Results from FG PF |
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| 14:00 - 14:30 |
› 1_Décoding a new histone language - Saadi Khochbin, Institute for Advanced Biosciences |
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| 14:30 - 15:00 |
› 2_Quantitative analysis of HIV-1 transcriptional repertoire by Oxford Nanopore sequencing - Sarah Gallois-Montbrun, Institut Cochin |
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15:00 - 16:00
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Presentation of e-infrastructure - Claude Scarpelli |
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| 15:00 - 15:15 |
› 1_Présentation de l'e-infrastructure - Claude Scarpelli, Genoscope-CEA |
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| 15:15 - 15:30 |
› 2_Retour d'expérience de l'utilisation de partie GPU de Cobalt pour des applications de Deep Learning - Eric Bonnet, Centre National de Génotypage |
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| 15:30 - 15:45 |
› 4_Retour d'expérience de l'utilisation de partie GPU de Cobalt pour des applications de base calling Oxford Nanopore - Aimeric Bruno, Genoscope-Centre national de séquençage |
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| 15:45 - 16:00 |
› 3_Solution technique utilisée pour passer des jobs de plus de 24 heures - Aimeric Bruno, Genoscope-Centre national de séquençage |
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16:00 - 16:00
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end of the event - end of the event |
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